Maahad Tahfiz ini dahulunya dikenali dengan KELAS PENGAJIAN TAFAQQUH. Ianya telah ditubuhkan oleh Kerajaan Negeri Kelantan pada pertengahan tahun 80-an di mana MASJID MUHAMMADI, KOTA BHARU merupakan pusat pertama yang telah dijadikan tempat Pengajian Kelas Tafaqquh. Mufti Kerajaan Negeri Kelantan pada masa itu,iaitu Sahibul Samahah Dato' Hj Mohd Noor bin Ibrahim telah diamanahkan untuk mengawasi perjalanan Kelas Tafaqquh tersebut. Generasi pertama Kelas Pengajian Tafaqquh ini terdiri daripada 11 orang pelajar dan 5 orang tenaga pengajar yang menyumbangkan tenaga mereka secara sukarela.
Mereka ialah:-
- Al Marhum SS Dato' Hj Mohd Noor bin Ibrahim (Mufti Kerajaan Negeri Kelantan)
- Al Marhum Al-Fadhil Dato' Hj Hasbullah bin Mohd Hassan
- Al Marhum Ustaz Hj Yusoff bin Omar
- Al Marhum Ustaz Hj Omar bin Yusoff
- Al Marhum Ustaz Hj Ismail bin Yusoff
Seramai 11 orang generasi pertama Kelas Tafaqquh ini telah melakar sejarah apabila 8 orang daripada mereka telah berjaya menamatkan pengajiannya pada 15 Mei 1987. Ekoran dari kejayaan tersebut mereka telah mengemukakan permohonan kepada Majlis Agama Islam Dan Adat Istiadat Melayu Kelantan untuk meneruskan kelas pengajian. Permohonan tersebut telah diluluskan oleh Majlis Agama Islam Dan Adat Istiadat Melayu Kelantan (MAIK). bahkan telah mendapat peruntukkan kewangan daripada pihak MAIK.
Pada penghujung tahun 1992 Kelas Pengajian Tafaqquh ditukarkan kepada KELAS PENGAJIAN TAHFIZ AL-QURAN MAIK. Dengan membuat beberapa perubahan ke atas sukatan pelajaran sesuai dengan peredaran dan perkembangan sistem pembelajaran. Pada tahun seterusnya iaitu bersamaan 1 Februari 1993 satu permohonan telah diajukan kepada Pengarah Intitusi Pengajian Tahfiz Al-Quran Pusat Islam Malaysia Kuala Lumpur bagi mewujudkan program bersama Diploma Tahfiz Wal Qiraat dan permohonan tersebut telah diluluskan.
Pada tahun 2007 nama Kelas Pengajian Tahfiz Al-Quran MAIK ditukarkan kepada MAAHAD TAHFIZ AL-QURAN MAIK dan nama ini telah diguna pakai sehingga ke hari ini. Sistem Pengajian Maahad Tahfiz Al-Quran MAIK berasaskan kepada Kurikulum Darul Quran JAKIM sepenuhnya. Sehubungan dengan itu pada tahun 2010 satu persefahaman (MOU) telah dicapai oleh Pihak Maahad Tahfiz dengan Darul Quran JAKIM. Manakala pelajar yang berjaya menamatkan pengajian akan mendapat Diploma Tahfiz Al-Quran Wal Qiraat, Darul Quran (JAKIM). Mereka boleh melanjutkan pengajian di peringkat ijazah di IPT luar dan dalam negara.
Bagi memantapkan lagi institusi pengajian Maahad Tahfiz telah dipindahkan ke tempat baru yang dikenali sebagai KOMPLEKS ISLAM JUBLI PERAK SULTAN ISMAIL PETRA (KIJPSIP). Setelah berusia lebih dari 20 tahun Maahad ini telah melahirkan ramai graduan yang berjaya dan berwibawa. Mereka kini sedang berkhidmat di pelbagai Institusi Kerajaan dan Swasta.